GPIB didirikan pada 31 Oktober 1948 yang pada waktu itu bernama "De Protestantse Kerk in Westelijk Indonesia" berdasarkan Tata-Gereja dan Peraturan-Gereja yang dipersembahkan oleh proto-Sinode kepada Badan Pekerja Am (Algemene Moderamen) Gereja Protestan Indonesia.
Majelis Sinode De Protestantse Kerk in Westelijk Indonesia yang pertama pada waktu adalah:
- Ds. J.A. de Klerk (Ketua)
- Ds. B.A. Supit (Wakil Ketua)
- Ds. L.A. Snijders (Sekretaris I)
- Pnt. J.A. Huliselan (Sekretaris II)
- Pnt. E.E. Marthens (Bendahara)
- Pnt. E.A.P. Klein (Penasihat)
- Ds. D.F. Sahulata (Pendeta Bahasa Indonesia)
- Ds. J.H. Stegeman (Pendeta Bahasa Belanda)
Ketika pertama kali terbentuk, GPIB mempunyai TUJUH buah Klasis (kini disebut Mupel atau Musyawarah Pelayanan) dengan 53 jemaat yaitu:
- Klasis Jabar meliputi 9 jemaat: Jakarta, Tanjung Priok, Jatinegara, Depok, Bogor, Cimahi, Bandung, Cirebon dan Sukabumi
- Klasis Jateng meliputi 6 jemaat: Semarang, Magelang, Yogyakarta, Cilacap, Nusakambangan dan Surakarta
- Klasis Jatim meliputi 12 jemaat: Madiun, Kediri, Madura, Surabaya, Mojokerto, Malang, Jember, Bondowoso, Banyuwangi, Singaraja, Denpasar dan Mataram
- Klasis Sumatra meliputi 7 jemaat: Sabang, Kutaraja, Medan, Pematang Siantar, Padang, Telukbayur dan Palembang
- Klasis Bangka & Riau meliputi 4 jemaat: Tanjung Pinang, Pangkal Pinang, Muntok dan Tanjungpandan
- Klasis Kalimantan meliputi 8 jemaat: Singkawang, Pontianak, Banjarmasin, Samarinda, Balikpapan, Tarakan, Sanga-sanga dan Kotabaru.
- Klasis Sulawesi meliputi 7 jemaat: Makassar, Pare-pare, Watansopeng, Raha, Palopo, Bone dan Malino
